地方品种猪基因组结构及其功能研究

遗传资源关系到养猪业的可持续发展，因而对其鉴定、评估、保护、开发以及利用已经成为世界性的工作重点。我国地方品种资源极其丰富。根据普查，全国现有104个猪地方品种/品系，其中江、浙、沪就有20个，包括被称为世界产仔冠军的太湖流域6个品种。近些年来，我们围绕地方品种/品系的基因组遗传多样性开展了一系列的工作：

1、配合农业部，开发了“中国地方猪品种登记”网络平台（http://www.pigbreeds.org.cn），作为登记种猪系谱、生产性能以及各种组学数据的规范性公共平台，也为政府开展遗传资源管理和科研人员开展相关研究提供了一个有效平台。

2、进一步完善了我们前期开发的“基于基因组简化与测序的基因型判型（GGRS）”平台及与其配套的基因型填补分析方法与软件——iBLUP。在此基础上，检测了上述江、浙、沪20个地方品种/品系和5个引进品种（作为对照）1600余头猪基因组范围的SNP等遗传变异，构建了SNPdb等数据库。

3、基于检测到的遗传变异，我们分析了这20个地方品种/品系的遗传多样性和进化关系，包括群体有效含量（Ne）、等位基因丰度（Ar）、多态位点比（PN）、杂合度（HE、No））、群体分化系数（Fst）、遗传距离（D）等，对这些品种/品系的濒危程度、现行保种模式的有效性、品种/品系划分的合理性等从分子水平上有了全面把握，也为下一步开展基因组保护（Genome Conservation）奠定了基础。

4、基于检测到的遗传变异，我们运用生物学注释、QTL映射、正向选择分析、全基因组关联分析（GWAS）等手段和方法，剖析了这20个地方品种/品系种质特性的遗传基础与形成机制，为开发与利用提供了依据。

5、在上述工作的基础上，我们开展了优质肉猪新配套系的培育，包括基于浦东白猪的浦汇猪配套系、基于金华猪的加华猪配套系。这些新配套系均兼顾保种与利用。现已完成专门化品系选育、最宜杂交组合筛选等工作，正在进行中试推广。

6、相关工作已在Animal Genetics等杂志上发表文章11篇；申报专利与软件著作权5项，其中获得授权专利1项、软件著作权1项。